Как получить оплату за работы по цене контракта, если заказчик отказался подписывать акты?

Добрый день.

По результатам аукциона, как единственные участники аукциона, с нами был заключен муниципальный контракт по максимальной цене. Смета на выполнение работ согласно аукционной документации составлена с учетом НДС. В связи с тем, что наша организация находится на упрощенной системе налогообложения и не является плательщиком НДС, расчет контрактной цены на выполнение работ был составлен без НДС по максимальной цене .

Однако после выполнения работ заказчик отказался подписывать акты выполненных работ по цене контракта, настояв, чтобы расчет работ в текущем уровне цен был произведен по методике для упрощенной системы налогообложения, что привело к уменьшению цены за выполненные работы. Мотивация заказчика- их наказывают, если они подписывают акты упрощенцам по начальной цене, которая рассчитана с учетом НДС , в результате чего получается коэффициент повышения цены контракта, а не уменьшения. Нам посоветовали подписать акты как удобно заказчику, а разницу получить через суд. Как правильно это сделать?

Заранее спасибо за ответ.