НДС при продаже недвижимости, которая не использовалось в предпринимательской деятельности

Продано нежилое помещение бывшее в собственности более 3х лет, но с момента государственной регистрации к моменту продажи прошло менее 3х лет (по решению суда).

Помещение было передано одним из учредителей НКО безвозмездно. Он же зарегистрирован в качестве ИП. Директор НКО - супруга ИП. Налоговый орган провел камеральную проверку и на основании анализа данных пришел к выводу, что в данном действии есть состав предпринимательской деятельности. Исчислил НДФЛ, НДС, штрафы и пени. Дело в суде.