Что делать, если я не зарегистрировал вовремя договор аренды?

Здравствуйте, Ринат. Если я правильно, понимаю, участок Вам предоставлялся для строительства дома. В Вашем случае я вижу единственный вариант. Согласно ч.5. ст.39.6. Земельного кодекса РФ предоставление в аренду без проведения торгов земельного участка, который находится в государственной или муниципальной собственности и на котором расположен объект незавершенного строительства, осуществляется однократно для завершения строительства этого объекта:

1) собственнику объекта незавершенного строительства, право собственности на который приобретено по результатам публичных торгов по продаже этого объекта, изъятого у предыдущего собственника в связи с прекращением действия договора аренды земельного участка, находящегося в государственной или муниципальной собственности;
2) собственнику объекта незавершенного строительства, за исключением указанного в подпункте 1 настоящего пункта, в случае, если уполномоченным органом в течение шести месяцев со дня истечения срока действия ранее заключенного договора аренды земельного участка, на котором расположен этот объект, в суд не заявлено требование об изъятии этого объекта путем продажи с публичных торгов либо судом отказано в удовлетворении данного требования или этот объект не был продан с публичных торгов по причине отсутствия лиц, участвовавших в торгах. Предоставление земельного участка в аренду без аукциона в соответствии с настоящим подпунктом допускается при условии, что такой земельный участок не предоставлялся для завершения строительства этого объекта ни одному из предыдущих собственников этого объекта.

На основании данного пункта подаете в Администрацию заявление о предоставлении в аренду данного земельного участка для завершения строительства. Если предоставление в аренду Вам согласуют, необходимо снова сделать межевой план земельного участка, который соответствует сегодняшним требованиям законодательства, и обратиться в кадастровую палату с заявлением о постановке з.у. на кадастровый учет. Ему присвоят новый кадастровый номер, выдадут Вам кадастровый паспорт, на основании которого данные участка будут внесены в новый договор аренды. И тогда уже не медлите: регистрируйте договор аренды, а потом право собственности на жилой дом.