Что делать, если проект не соответствует фактическим обстоятельствам?

Договариваться с заказчиком либо делать доплнительную независимую экспертизу и с её результатами в суд...

Здравствуйте, Светлана. В целом вы имеет право приостановить работы, когда по независящим от вас обстоятельствам есть риск получения отрицательного результата, невозможность завершения работы в срок. Но проектная документация получила положительное заключение государственной экспертизы.

При чем я сомневаюсь, что проведение независимой экспертизы что-то даст, так как качество проектной документации подтверждено заключением гос.экспертизы. Если проводить экспертизы, то перед экспертами следует поставить вопрос о том, возможно ли продолжение работ по данной ПД, и будет ли результат работ соответствовать требованиям, если руководствоваться ПД,

Тем не менее, ваша ситуация не до конца понятна, нужно больше информации.

много позиций не учтено (без которых не можем должным образом выполнить работы)
Светлана

Что будет если вы выполните работы без данных позиций?

Что значит много позиций не учтено, они есть в техническом задании или сметах?

ПО ВСЕМ вскрывшимся вопросам пишите официальные письменные уведомления заказчику под вх № и дату на вашем экземпляре писем — это позволит вам избежать ответственности за нарушение сроков по ремонту —

Статья 716. Обстоятельства, о которых подрядчик обязан предупредить заказчика
[Гражданский кодекс РФ] [Глава 37] [Статья 716]
1. Подрядчик обязан немедленно предупредить заказчика и до получения от него указаний приостановить работу при обнаружении:
непригодности или недоброкачественности предоставленных заказчиком материала, оборудования, технической документации или переданной для переработки (обработки) вещи;
возможных неблагоприятных для заказчика последствий выполнения его указаний о способе исполнения работы;
иных не зависящих от подрядчика обстоятельств, которые грозят годности или прочности результатов выполняемой работы либо создают невозможность ее завершения в срок.
2. Подрядчик, не предупредивший заказчика об обстоятельствах, указанных в пункте 1 настоящей статьи, либо продолживший работу, не дожидаясь истечения указанного в договоре срока, а при его отсутствии разумного срока для ответа на предупреждение или несмотря на своевременное указание заказчика о прекращении работы, не вправе при предъявлении к нему или им к заказчику соответствующих требований ссылаться на указанные обстоятельства.

тут очевидно всплывет вопрос о замене видов работ и части материалов- предложите свой вариант решения вопроса — если вы уложитесь в 10 % от цены контракта — допускается — замену вида и материала- можно пересогласовать с проектировщиком изготовившим документацию на ремонт...