Связать эти две сделки никак не получится.
Ваш отец может попробовать договориться с покупателем квартиры, чтобы в договоре была указана цена 1 млн. руб. (фактическая сумма скорее всего будет больше). Тогда он будет иметь право на налоговый вычет предусмотренный пп. 1 п. 1, пп. 1 п. 2 ст. 217 Налогового кодекса РФ:
«имущественный налоговый вычет предоставляется в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, не превышающем в целом 1 000 000 рублей».
Вы же при покупке квартиры также имеете право на имущественный налоговый вычет, предусмотренный пп. 3 п. 1 ст. 217, п. 3 ст. 217 Налогового кодекса РФ. Имущественный налоговый вычет предоставляется в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на приобретение домов, квартир и др., не более 2 000 000 рублей.