Можно ли применять УСН ООО по розничной торговле алкоголем?

Уж давно две системы ЕНВД и УСНО применяются по выбору налогоплательщика. И никакой обязаловки нет и в помине. Это ваше право, что выбирать, если ЕНВД вообще есть в субъекте.

Другой вопрос, что розничная реализация алкоголя не входит в ЕНВД как при реализации через объекты торговли, так и при оказании услуг общественного питания. Тогда только УСН. Для выяснения всех нюансов, Вам бы лучше обратиться к юристам региона ибо особенности уплаты и видов деятельности установлены региональным законодательством.