Доброго Вам дня!
Ваш работодатель не хочет уплачивать за Вас налоги и сдавать дополнительную отчетность.
По трудовому договору ему необходимо самому удерживать с Вашей зарплаты и уплачивать НДФЛ, также ему нужно дополнительно на Вашу зарплату начислять взносы в пенсионный фонд, фонд социального страхования, фонд обязательного медицинского страхования, и уплачивать их (а они составляют около 30% поверх Вашей зарплаты). Помимо этого ему необходимо составлять и сдавать дополнительную отчетность.
Если Вы зарегистрирутесь как ИП и будете работать с ним по гражданско-правовому договору, то все налоги и взносы будете платить самостоятельно и из своего кармана, да ещё и отчетность Вам самостоятельно нужно будет составлять или обращаться к бухгалтеру для этого.
Если компанию обвинят в уклонении от уплаты налогов, то сотрудников обвинять в нарушении закона не будут.
На упрощенке (УСН 6%) сотрудники будут уплачивать в год около 20 тыс. взносов в ПФР, ФСС, также с дохода превышающего 330 тыс. рублей нужно будет уплатить 6% налога (п. 7 ст. 346.18 НК РФ предусматривает ИП на УСН 6% без сотрудников зачет взносов в ПФР, ФСС в счет уплаты налога, это примерно равно 330 тыс. руб. дохода в год) (эти нюансы проговорите обязательно с бухгалтером).
Если не будете заключать договоров залога или поручительства в обеспечение обязательств работодателя, то отвечать по его долгам не будете.
Если Ваш работодатель будет оплачивать Ваши дополнительные расходы помимо "заработной платы", то можете зарегистрироваться. Но имейте ввиду, что Ваш работодатель обязан Вас оформить именно по трудовому договору и нести расходы самостоятельно.
---------------------------
Помните, что работодатель обязан уплачивать страховые взносы. Меньше он уплатит (или Вы, будучи ИП) - меньше будет пенсия. Будет куча сложностей с получением пособий по временной нетрудоспособности, в связи с беременностью и рождением ребенка и иных.
Также очень сложно будет добиться каких-либо гарантий, предоставляемых работникам: отпуска, выплаты, компенсации ... ничто не будет гарантировано. Для этого нужно будет признавать трудовым договором гражданско-правовой договор с работодателем.
Помогая работодателю в уменьшении расходов, вы поможете ему в уменьшении его ответственности перед вами, как работниками, и значительно уменьшите свои права работников, гарантированные трудовым законнодательством.
Обстоятельно подумайте перед этим шагом.
Я, как юрист, не рекомендую Вам и Вашим коллегам регистрироваться в качестве ИП и работать с работодателем по гражданско-правовому договору.