Я бы вам посоветовал во избежание споров, оформить это в соответствии ТК РФ и разъяснениями Минфина РФ.
ТК РФ обязывает работодателя выплатить компенсацию за использование имущества, а также возместить работнику произведенные расходы (ст. 188 ТК РФ).
Размер такой компенсации вы должны установить в ТД.
По общему правилу на указанные выплаты НДФЛ не начисляется (абз. 9 п. 3 ст. 217 НК РФ).
Однако, для этого в организации должны быть расчеты сумм компенсаций, а также документы, подтверждающие: принадлежность имущества сотруднику; использование имущества в служебных целях; суммы понесенных физическим лицом расходов.
В вашем случае, заключение договора с АЗС возможно, но лучше оплачивать по факту расходов или, например, путем выдачи средств на заправку из кассы в размере определенном ТД. Однако в любом случае нужны ТД, документы подтверждающие суммы понесенных расходов сотрудником, что при таком способе оформления проблематично, на мой взгляд.
Примечание: Данный ответ является мнением и возможны иные точки зрения.