Анастасия, здравствуйте.
Не бывает реестра недобросовестных заказчиков.
Порядок взыскания задолженности с заказчика по 44-ФЗ такой же, как и с любого иного должника. Можете взыскать задолженность плюс пени. Сначала пишете претензию, если контрактом предусмотрен обязательный претензионный порядок решения споров, затем, в случае неполучения результата, обращаетесь в суд.
Насчет упущенной выгоды сильно сомневаюсь. Впрочем, если вы сможете её доказать наличие и размер упущенной выгоды, причинную связь между допущенным заказчиком нарушением нарушением и возникшей упущенной выгодой, то можно попытаться.
Могу поделиться вот такой суд. практикой, но она не в вашу пользу в части упущенной выгоды. Но у вас могут быть другие обстоятельства и ньюансы.
Дело А39-2767/2013
Спасибо Вам большое! Обязательно ознакомлюсь с делом