Уважаемый Александр!
Порядок предоставления жилищных субсидий установлен приказом министра обороны РФ.
Об утверждении Порядка предоставления субсидии для приобретения или строительства жилого помещения военнослужащим — гражданам Российской Федерации, проходящим военную службу по контракту в Вооруженных Силах Российской Федерации, и гражданам Российской Федерации, уволенным с военной службы"
www.rg.ru/2014/08/05/kvartiri-dok.html
Для перечисления жилищной субсидии военнослужащие, граждане, уволенные с военной службы, члены их семей представляют в уполномоченный орган Министерства обороны Российской Федерации в сфере жилищного обеспечения военнослужащих (далее — уполномоченный орган) либо специализированную организацию (структурное подразделение специализированной организации) (далее — структурное подразделение уполномоченного органа) договор об открытии банковского счета и заявление о перечислении жилищной субсидии с указанием реквизитов банковского счета, подписанное ими и всеми членами их семей**.
Жилищная субсидия предоставляется военнослужащим, гражданам, уволенным с военной службы, и членам их семей путем ее перечисления на основании документов, указанных в пункте 7 настоящего Порядка, на указанный в заявлении о перечислении жилищной субсидии банковский счет.
Да, во всех пунктах этого приказа указано, что право на получение жилищной субсидии имеют граждане, УВОЛЕННЫЕ с военной службы. Но если, как Вы говорите, командир подписал рапорт на увольнение по состоянию здоровья, Вас должны были уволить, несмотря на Вашу оговорку в рапорте. Какую визу наложил командир на Вашем рапорте?.
Если субсидия Вам положена и есть письменный отказ, тогда его обжаловать. Но судя по вопросу, Вам просто устно сказали, что в первую очередь тем кто за штатом дадут, а Вам потом. А оф. бумаг нет. То есть и обжаловать нечего пока.