Возьмите на вооружение следующие статьи Трудового кодекса:
ст.254
Беременным женщинам в соответствии с медицинским заключением и по их заявлению снижаются нормы выработки, нормы обслуживания либо эти женщины переводятся на другую работу, исключающую воздействие неблагоприятных производственных факторов, с сохранением среднего заработка по прежней работе.
До предоставления беременной женщине другой работы, исключающей воздействие неблагоприятных производственных факторов, она подлежит освобождению от работы с сохранением среднего заработка за все пропущенные вследствие этого рабочие дни за счет средств работодателя.
При прохождении обязательного диспансерного обследования в медицинских организациях за беременными женщинами сохраняется средний заработок по месту работы.
ст.261
Расторжение трудового договора по инициативе работодателя с беременной женщиной не допускается, за исключением случаев ликвидации организации либо прекращения деятельности индивидуальным предпринимателем.
Вообще Вам лучше даже полностью ознакомиться с главой 41 ТК РФ.
Иными словами действия Вашего руководства являются неправомерными. Если Ваши права будут нарушаться, Вы вправе обратиться с жалобой в федеральную инспекцию по охране труда и Ваш начальник будет оштрафован (так ему и скажите). А все справки, которые Вы передаете работодателю лучше сопровождать отметкой на копии о вручении.
