Намеренное ухудшение жилищных условий военнослужащим

По смыслу данного пункта

з) выезд членов семьи военнослужащего в другое место жительства к месту военной службы военнослужащего и совершение ими в связи с этим действий по прекращению права пользования жилыми помещениями;

В данном случае под правом пользование имеется ввиду снятие с регистрации или другие действия которые прекращают именно право пользования данным жилым помещением. У Вас же жена утратила право собственности. А это разные понятия по смыслу которое закладывает закон.

В качестве примера различий права пользования и права владения:

Жилищный Кодекс РФ
Статья 30. Права и обязанности собственника жилого помещения
1. Собственник жилого помещения осуществляет права владения, пользования и распоряжения (то есть в совокупности) принадлежащим ему на праве собственности жилым помещением в соответствии с его назначением и пределами его использования, которые установлены настоящим Кодексом.
Статья 31. Права и обязанности граждан, проживающих совместно с собственником в принадлежащем ему жилом помещении
2. Члены семьи собственника жилого помещения имеютправо пользования (не собственник только право пользования имеет) данным жилым помещением наравне с его собственником, если иное не установлено соглашением между собственником и членами его семьи. Члены семьи собственника жилого помещения обязаны использовать данное жилое помещение по назначению, обеспечивать его сохранность.

То есть действия Вашей супруги по передачи квартиры отцу, по смыслу п. 5 Приказа, будут являться ухудшением жилищных условий к сожалению.

5. В соответствии со статьей 53 Жилищного кодекса Российской Федерации военнослужащие и члены их семей не могут быть признаны нуждающимися в жилых помещениях ранее истечения пяти лет после совершения ими действий по намеренному ухудшению жилищных условий, в результате которых на военнослужащих и членов их семей стало приходиться менее установленной учетной нормы площади жилого помещения,в том числе связанных с изменением права пользования жилым помещением, обменом жилого помещения, невыполнением условий договора социального найма жилого помещения, расторжением брака (за исключением случая, предусмотренного подпунктом «и» настоящего пункта), выделением доли жилого помещения собственниками, отчуждением жилого помещения или его части.

А супруга именно совершила отчуждение квартиры.

То есть у Вас по 10.05.2016 будет запрет на постановку на жилищный учёт по этому основанию.

Т.е., если вставать на учет сейчас, то "минус" квадраты всей бывшей квартиры жены или из расчета того, что в ней также были прописаны дед и бабушка ее и она соответственно?