Здравствуйте, Татьяна!
Если Вы действовали как главный бухгалтер организации, то должны были руководствоваться требованиями закона «О бухгалтерском учете», в соответствии с которым круг прав главного бухгалтера, изначально определяемый кругом его обязанностей, является лишь условием, обеспечивающим возможность для выполнения им последних. Главный бухгалтер организации:
– обеспечивает соответствие осуществляемых хозяйственных операций законодательству РФ (п. 3 ст. 7 Закона о бухгалтерском учете);
– обеспечивает контроль за движением имущества и выполнением обязательств (п. 3 ст. 7 Закона о бухгалтерском учете);
– формирует учетную политику предприятия (п. 5 ПБУ ),
– подписывает бухгалтерскую отчетность (п. 5 ст. 13 Закона о бухгалтерском учете).
В соответствии с п. 2 ст. 7 Закона о бухгалтерском учете главный бухгалтер подчиняется непосредственно руководителю. Отсюда следует, что сами себе Вы не могли назначить и выплатить премию. На это должен был быть соответствующий приказ руководителя организации.
Вы пишете:"В 2013 году я исполняла полномочия руководителя, в связи с нахождением последнего в декретном отпуске, моя должность — главный бухгалтер".
Не очень понятно: Вы исполняли обязанности руководителя организации, будучи гл. бухгалтером, или исполняли обязанности гл. бухгалтера в связи с пребыванием в декретном отпуске гл. бухгалтера. По причине неконкретности вопроса и ответить на него конкретно невозможно.
Одно лишь определенно можно сказать, что в силу названного выше закона, сдача отчетности действительно входит в должностные обязанности главного бухгалтера и потому в прокуратуре Вам сказали верно.