Если бесплатное питание не предусмотрено законом, то для списания расходов закрепите в трудовом или коллективном договоре соответствующие положения. Опишите в данных договорах каким образом хотите оформить удержание и какие документы должен приложить работник. Если нет возможности составить такой трудовой либо коллективный договор можете обратиться для составления такого договора к конкретному юристу. На данном сайте много различных юристов, которые составят данный договор для Вас.
Для целей налогообложения безопаснее вести персонифицированный учет доходов каждого сотрудника, предоставляемых в виде бесплатного питания.
Таким образом, если возможно персонифицировать доходы работников, полученные при предоставлении бесплатного питания, то работодатель обязан начислять НДФЛ. Налог начислять не следует только в том случае, если на практике невозможно осуществить учет доходов каждого отдельного работника. Но споров с инспекцией в подобной ситуации скорее всего не избежать.