Может ли быть экспортером и применять ставку 0 % филиал иностранной компании?

Вы, наверно, маленько не поняли. В ситуации 3 лица:

А. Завод производитель (РФ)

Б. Филиал в РФ иностранной компании.

В. Третья иностранная компания (филиал в РФ не ее).

Да, тогда я Вас действительно не понял.

Как указано в Налоговом Кодексе (ст. 143) налогоплательщиками налога на добавленную стоимость признаются организации, индивидуальные предприниматели.

На основании положений ст. 11 Кодекса для целей налогообложения организациями признаются юридические лица, образованные в соответствии с законодательством Российской Федерации, а также иностранные юридические лица, компании и другие корпоративные образования, обладающие гражданской правоспособностью, созданные в соответствии с законодательством иностранных государств, международные организации, филиалы и представительства указанных иностранных лиц и международных организаций, созданные на территории РФ.

Т.е. зарегистрировавшись в качестве налогоплательщика Вы имеете все права и обязанности наравне с российскими организациями, в данном случае, применить ставку 0%

Что касается налога на прибыль, то здесь все описано в ст. 307 НК РФ

1. Объектом налогообложения для иностранных организаций, осуществляющих деятельность в Российской Федерации через постоянное представительство, признается: доход, полученный иностранной организацией в результате осуществления деятельности на территории Российской Федерации через ее постоянное представительство, уменьшенный на величину произведенных этим постоянным представительством расходов, определяемых с учетом положений пункта 4 настоящей статьи; доходы иностранной организации от владения, пользования и (или) распоряжения имуществом постоянного представительства этой организации в Российской Федерации за вычетом расходов, связанных с получением таких доходов; другие доходы от источников в Российской Федерации, указанные в пункте 1 статьи 309 настоящего Кодекса, относящиеся к постоянному представительству...