Вправе ли наказывать дважды за одно и то же нарушение?

Здравствуйте, Лидия!

Это не является нарушением закона, так как согласно пункту 3 статьи 2.1 Кодекса РФ об административных правонарушениях:

3. Назначение административного наказания юридическому лицу не освобождает от административной ответственности за данное правонарушение виновное физическое лицо, равно как и привлечение к административной или уголовной ответственности физического лица не освобождает от административной ответственности за данное правонарушение юридическое лицо.

Лидия, добрый день! Действительно, по КоАП возможно  одновременное привлечение к ответственности юридического лица и должностного лица.

Но  при этом нужно иметь ввиду, что привлекатся  к ответственности должно виновное должностное лицо, а не руководитель т.к. согласно ст.2.1 КоАП 

1. Административным правонарушением признается противоправное, виновное действие (бездействие) физического или юридического лица, за которое настоящим Кодексом или законами субъектов Российской Федерации об административных правонарушениях установлена административная ответственность.

В вашем случае, если имеется приказ об учетной политике предприятия, должностные инструкции, в которых определены обязанности конкретных работников по предоставлению налоговой отчетности, работники с инструкциями ознакомлены и допустили просрочку в предоставлении отчетности по причине зависящей от этих работников, руководитель не должен нести ответственность за этих работников, поскольку все зависящие от него меры были приняты и просрочка в предоставлении налоговой отчетности произошла не по вине руководителя, а по вине другого работника.