Из той информации, которая содержится в вопросе, невозможно понять на каком основании предъявлены требования налоговым органом. Наверняка основания для начисления налога указаны в письме (а точнее сказать — в требовании) налогового органа.
По общему правилу, установленному п.3 ст.346.11 Налогового кодекса РФ применение упрощенной системы налогообложения индивидуальными предпринимателями предусматривает их освобождение от обязанности по уплате налога на добавленную стоимость (НДС), за исключением НДС, подлежащего уплате при ввозе товаров на территорию Российской Федерации, а также НДС, уплачиваемого при осуществлении операций в соответствии с договором о совместной деятельности, договором инвестиционного товарищества.
Решение о взыскании штрафа выносится руководителем налогового органа. В этом решении указывается основание привлечения к ответственности и норма Налогового кодекса, которая устанавливает размер штрафа. Законность требований налогового органа об уплате штрафа можно оценить после ознакомления с указанным выше решением.