Ольга, добрый день!
В соответствии с ч. 4 ст. 31 Жилищного кодекса РФ,
4. В случае прекращения семейных отношений с собственником жилого помещения право пользования данным жилым помещением за бывшим членом семьи собственника этого жилого помещения не сохраняется, если иное не установлено соглашением между собственником и бывшим членом его семьи.
Если право пользования домом за родственником сохранено, о чем имеется указание в Едином гос. реестре прав на недвижимое имущество и сделок с ним в виде обременения, то, соответственно, норма части 4 статьи 31 ЖК РФ не должна применяться, поскольку, по всей видимости, имеется определенное соглашение о праве данного родственника пользоваться домом (проживать в нём).
При этом то обстоятельство, что у него в собственности имеется другое жилое помещение, в данном случае правового значения не имеет и не лишает его права пользования домом. Если, конечно, иное не установлено тем соглашением (или каким-либо актом или решением суда), на основании которого за ним сохранено право пользования домом.
Ольга, если на это согласна и Ваша мама, то заключайте соглашение с ней.
Если её согласия нет, то, увы, прекратить её право пользования домом не вижу оснований.