Здравствуйте, Светлана!
Судя по всему речь идет о госзакупках. У Вас два варианта действий:
1. признать подрядчика уклонившимся от подписания контракта и, если есть второй участник предложить контракт ему (при этом он вправе отказаться), если второго участника нет или второй участник отказался, то размещаете закупку заново. В любом случае при первом варианте Ваш победитель отправляется в РНП.
2. Отправить контракт на доработку, (на сколько я знаю функционал Заказчика, Вы не можете выслать протокол разногласий, но отправить победителю на исправление замечаний можете), при этом судя по всему, такой действие возможно только в случае, если срок подписания контракта победителем еще не прошел. В таком случае подрядчик обязан будет, как и установлено законом, при подписании контракта предоставить обеспечение исполнения контракта в виде банковской гарантии или залога ден. средств.