Ничего себе, недостача!!! Это самое явное хищение.
К ответственности привлекают за действие/бездействие, а не потому, что оформлена бумага или нет.
Трудовой договор — это вообще абсолютно добровольный документ, регулирующий отношения работника и работодателя. Он то тут причем?
По хорошему, с работниками, несущими материальную ответственность, должны быть заключены соответствующие документы о материальной ответственности.
В данном случае необходимо расследование и доказательства хищения, а не поиск крайнего. Вы не задумывались, что и другие работники могли, скажем, сделать слепок ключа. А есть умельцы, которым и ключ не нужен для вскрытия сейфа. У меня сразу возникает вопрос: стала бы она так себя подставлять? Ведь она априори первая из подозреваемых!