Высчитали из зарплаты за проезд в командировку

Здравствуйте, Василий!
Информации для ответа на Ваш вопрос недостаточно, но исходить необходимо из
следующего. Согласно ст. 167 Трудового кодекса РФ при направлении работника в служебную командировку ему гарантируется сохранение места работы (должности) и среднего заработка, а также возмещение расходов, связанных со служебной
командировкой. В соответствии со ст. 168 Трудового кодекса РФ в случае направления в служебную командировку работодатель обязан возмещать работнику:

— расходы по проезду;

— расходы по найму жилого помещения;

— дополнительные расходы, связанные с проживанием вне места постоянного
жительства (суточные);

— иные расходы, произведенные работником с разрешения или ведома работодателя.
В служебной записке скорее всего согласовывалось выделение Вам денежных средств с постатейной разбивкой: на питание, на проживание, на проезд и пр., возможно Вы там даже расписывались.