Добрый день, Андрей.
Вообще закон напрямую говорит что программное обеспечение патентовать нельзя. Так исторически сложилось что программы для компьютера рассматриваются наравне с произведениями литературы:
Авторские права на все виды программ для ЭВМ (в том числе на операционные системы и программные комплексы), которые могут быть выражены на любом языке и в любой форме, включая исходный текст и объектный код, охраняются так же, как авторские права на произведения литературы.
Однако действительно опытный патентовед может помочь Вам запатентовать программу, пути к этому существуют. Теоретическое обоснование возможности патентовать программы Вы можете найти например в моем труде «О целесообразности патентования программ для ЭВМ в свете опыта США и Европы».
С уважением.