Добрый день, Диана.
Индивидуальный предприниматель, безусловно может иметь договорные отношения с ООО. Однако, если индивидуальный предприниматель работает на упрощенной системе налогообложения, он не является плательщиком НДС и не может выставлять счета с указанием налога на добавленную стоимость.
Индивидуальный предприниматель является плательщиком налога на добавленную стоимость только в том случае, если он ведет находится на ощей системе налогообложения (ОСН) — ст 143 НК.
При этом согласно ст. 145 НК
1. Организации и индивидуальные предприниматели имеют право на освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога (далее в настоящей статье — освобождение), если за три предшествующих последовательных календарных месяца сумма выручки от реализации товаров (работ, услуг) этих организаций или индивидуальных предпринимателей без учета налога не превысила в совокупности два миллиона рублей.