Ирина, здравствуйте.
Начну с того, что поможет вам сейчас. На участковом проверка не заканчивается: вы вправе дать письменное объяснение, что окно не разбивали, рассказать о случае с камнем месяц назад и назвать, кто может подтвердить, где вы были. Попросите приобщить объяснение к материалу. Если на доме или в подъезде есть камеры, укажите это — полиция может запросить записи.
Теперь о встречном заявлении.
Ложный донос (ст. 306 УК РФ) здесь, скорее всего, не подойдёт. Эта статья — о заведомо ложном доносе о преступлении. Разбитое окно обычно не преступление: умышленное повреждение чужого имущества без значительного ущерба — административное правонарушение (ст. 7.17 КоАП РФ), уголовная ответственность наступает лишь при значительном ущербе (ч. 1 ст. 167 УК РФ). Если полиция квалифицирует случай как административный, ложный донос о нём под ст. 306 не подпадает.
С клеветой тоже непросто. Клевета — это распространение заведомо ложных порочащих сведений (ч. 1 ст. 128.1 УК РФ). Верховный Суд разъяснил, что обращение в полицию — это реализация права на обращение в органы, которые обязаны проверять информацию, а не распространение порочащих сведений, даже если сведения не подтвердились. Ответственность возможна, только если суд установит, что обращение не имело никаких оснований и подано исключительно чтобы причинить вам вред (п. 10 Постановления Пленума ВС РФ от 24.02.2005 № 3; это разъяснение — о гражданской ответственности).
Поэтому мой совет: сначала дождитесь итога проверки. Если в отношении вас откажут в возбуждении дела, у вас появится документ о том, что обвинение не подтвердилось. Если соседка продолжит распространять эти слухи среди соседей или на работе, тогда это уже распространение, и можно говорить о защите чести и достоинства.