Кто в этой ситуации виноват и кто вину должен доказывать?

Здесь работают сразу несколько норм. Во-первых, правила внутреннего трудового распорядка и локальные акты Ozon (например, регламент безопасности склада). Именно они устанавливают запрет на пронос определённых вещей в операционную зону. Если вы с этими правилами были ознакомлены под подпись — вы обязаны их соблюдать. 

Во-вторых, если речь заходит об обвинении в хищении, подключаются нормы уголовного или административного права:

Статья 158 УК РФ (кража) — если будет доказано тайное хищение чужого имущества. 
Статья 7.27 КоАП РФ (мелкое хищение) — если стоимость предмета невелика. 
Но ключевой момент: само по себе обнаружение вещи в кармане не означает автоматической вины.

Кто виноват и кто должен доказывать?
Вину доказывает обвинение — в данном случае это позиция работодателя (и, если дело выйдет за рамки внутреннего расследования, правоохранительных органов). Вам не нужно доказывать свою невиновность — это принцип уголовного и административного процесса: бремя доказывания лежит на том, кто выдвигает обвинение. 

Требование сотрудника СБ принести кассовый чек — это не законное требование, а попытка подкрепить обвинение. Вы не обязаны искать и предъявлять чеки на личные вещи, которые вы, возможно, купили давно или получили иным путём (например, вам их подарили). СБ должна строить свою позицию на других доказательствах: видео с камер, показания свидетелей, анализ обстоятельств, как предмет оказался в кармане.

Что важно в вашей ситуации?
Прошлые проверки. Тот факт, что на предыдущих проходах (на перекур) предмет не обнаружили, — важный аргумент. Это ставит под сомнение версию о том, что вы целенаправленно пытались что-то пронести. Можно указать на непоследовательность контроля.
Мотив. Нужно чётко разделять: сам по себе факт наличия вещи — не кража. Кража предполагает корыстную цель — намерение тайно похитить имущество работодателя. Если вы просто забыли презерватив в кармане старой рабочей куртки и не планировали ничего выносить — состава хищения нет. 
Документы. Внимательно изучите акт изъятия и объяснительную. Если в них есть формулировки, которые вы не подтверждаете (например, написано, что вы признаёте попытку кражи, хотя вы этого не говорили), — это повод для замечаний.
Что делать дальше?
Обсудите ситуацию с руководителем или представителем отдела кадров. Объясните обстоятельства: как вещь оказалась в кармане, почему не была замечена раньше.
Если работодатель настаивает на дисциплинарной ответственности (выговор, увольнение) или передаёт материалы в полицию — имеет смысл обратиться за консультацией к юристу. Специалист поможет оценить доказательства, проверить законность действий СБ и защитить ваши права. 
В общем, не принимайте на себя чужую задачу по доказыванию. Ваша задача — чётко и спокойно изложить свою версию событий и при необходимости заручиться правовой поддержкой. Удачи в разрешении ситуации!

Здравствуйте, Александр!

Сам факт, что презерватив нашли в кармане, сам по себе не доказывает кражу. Для кражи по статье 158 УК РФ нужно установить, что вещь была чужой, вы незаконно и безвозмездно её изъяли и действовали с корыстной целью. Если презерватив был вашим, состава кражи нет. Кассовый чек не является обязательным условием, чтобы доказать свою невиновность.

В уголовном деле обязанность доказывать обвинение лежит на стороне обвинения, а не на вас. Вы не обязаны доказывать невиновность — это следует из статьи 49 Конституции РФ и статьи 14 УПК РФ. Сотрудник службы безопасности может сообщить о подозрении, но сам не вправе признать вас виновным.

Отдельно работодатель может рассматривать нарушение правил склада как дисциплинарный проступок, если запрет установлен и доведён до вас. По статьям 192 и 193 ТК РФ взыскание требует доказать нарушение и соблюсти процедуру. Подпись под актом сама по себе не означает признание кражи, но важно, что именно написано в акте и ваших объяснениях.

Попросите копии акта изъятия, объяснений и правила склада, письменно укажите, что вещь ваша и с обвинением в краже не согласны. Попросите сохранить записи камер, включая проходы через пост охраны. Если обратится полиция, не давайте объяснений под давлением и воспользуйтесь правом не свидетельствовать против себя по статье 51 Конституции РФ. Для точной оценки важно, вы оформлены в Ozon или работаете через подрядчика, и чей именно был презерватив. Могу отдельно разобрать документы и порядок действий в личном чате. Если платная консультация не планируется, буду благодарен за отзыв в профиле, если ответ оказался полезен.