Здравствуйте! В вашей ситуации не всё так критично, как может показаться. Сам по себе пропуск двух лет после окончания магистратуры ещё не означает, что сыну грозит уголовная ответственность.
Если сын не получал повесток надлежащим образом и не уклонялся сознательно от призывных мероприятий, наиболее вероятный риск связан с административной ответственностью. По ч. 1 ст. 21.5 КоАП РФ за неявку по повестке без уважительной причины предусмотрен штраф от 10 000 до 30 000 рублей. При этом необходимо установить факт надлежащего оповещения.
Уголовная ответственность по ст. 328 УК РФ возможна, если будет доказан умысел на уклонение от призыва. Сам факт отсутствия в военкомате в течение двух лет автоматически преступлением не является.
Что касается аспирантуры, при соблюдении установленных законом условий сын вправе получить отсрочку по обучению. Однако она не освобождает автоматически от ответственности за возможные нарушения, допущенные ранее.
Я бы рекомендовал до посещения военкомата проверить, какие повестки числятся в реестре и какие решения принимались в отношении сына. Важно также выяснить, направлялись ли ему повестки в период после окончания магистратуры и были ли они юридически вручены, в том числе в электронном виде.
Чтобы точнее оценить риски, уточните, пожалуйста: сколько лет сыну сейчас и учился ли он где-либо либо работал в период с окончания магистратуры до поступления в аспирантуру?
С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.