Уважаемый Ильяс!
В Вашей ситуации имеются основания для взыскания задолженности за выполненную работу через суд. Отсутствие второго экземпляра договора не лишает Вас права требовать оплату, поскольку у Вас сохранились путевые листы, подписанные прорабом, переписка с заказчиком и документы о предыдущих платежах.
Однако необходимо учитывать важное обстоятельство: Вы зарегистрировались в качестве индивидуального предпринимателя, поэтому первоначально следует определить характер Ваших отношений с заказчиком.
Если Вы работали по гражданско-правовому договору как ИП, задолженность взыскивается на основании статей 309, 310, 711 ГК РФ (при выполнении работ по договору подряда). Если же фактически Вы работали как наёмный сотрудник, подчинялись установленному графику вахт 15/15, выполняли распоряжения руководителя и получали регулярную оплату, имеются основания для признания отношений трудовыми на основании статей 15, 16 и 19.1 ТК РФ.
Само по себе наличие статуса ИП не исключает возможности признания отношений трудовыми.
Вывод
Ильяс, имеющиеся у Вас документы могут стать доказательствами выполнения работы и наличия задолженности. Отсутствие экземпляра договора не препятствует обращению в суд.
Уточните, пожалуйста, один момент мне в чат: договор Вы заключали именно как ИП с другим предпринимателем или организацией либо работодатель попросил Вас открыть ИП, но фактически Вы продолжали работать у него как обычный наёмный машинист экскаватора?
От этого зависит, в какой суд обращаться и какие требования предъявлять.
Если потребуется изучить переписку, путевые листы и подготовить документы для взыскания задолженности, можете обратиться ко мне в чат. Специализируюсь на трудовом праве, опыт работы более 20 лет.