Анастасия, да: можно оформить письменное соглашение между Вами и сестрой с подтверждением уже совершённых платежей и порядком дальнейшего финансирования ипотеки. Но его нужно подкрепить выписками, показывающими всю цепочку денег: Ваш перевод сестре — поступление на её счёт — списание в погашение конкретного кредита. Один перевод на карту без указания назначения ещё не доказывает оплату ипотеки.
В документе укажите банк, номер и дату кредитного договора, квартиру, период и общую сумму предоставленных Вами средств. Приложением сделайте таблицу: дата, сумма Вашего перевода, дата и сумма соответствующего ипотечного платежа. Сестра должна прямо подтвердить получение этих средств для погашения данного кредита. Отдельно согласуйте, кто несёт расходы между вами и подлежат ли суммы возврату либо учитываются иным способом. Для солидарных должников внутренние расчёты имеют значение с учётом ст. 325 ГК РФ; нельзя автоматически назвать все перечисления займом или считать, что сестра должна вернуть всю сумму.
Подписывать подтверждение прошлых платежей следует текущей реальной датой, а не задним числом. Оно является одним из доказательств и не заменяет банковские документы. Если требуется нотариальное оформление, сначала согласуйте содержание соглашения; удостоверение подписи на общей фразе не заменит проверку движения денег.
Вывод сестры из числа заёмщиков — отдельный вопрос с банком. Ваше соглашение не освобождает её перед кредитором. При переводе долга требуется согласие кредитора по п. 2 ст. 391 ГК РФ; конкретную процедуру изменения состава заёмщиков определят банк и условия договора. Официальное разъяснение прокуратуры: epp.genproc.gov.ru/ru/proc_64/activity/legal-education/explain/e697215/
Право собственности на квартиру также не меняется автоматически из-за Вашей регистрации, проживания или оплаты кредита. Перед подготовкой нужны кредитный договор и допсоглашения, график, выписки обеих сестёр и справка банка о платежах, выписка ЕГРН и договор приобретения квартиры. Уточните: на кого зарегистрирована квартира, уже получено ли согласие банка на вывод сестры и что именно должен подтвердить документ — источник платежей для банка или также взаимные имущественные расчёты?