Здравствуйте Мухаммад.
Да, иностранный гражданин, имеющий вид на жительство в РФ, может официально работать у индивидуального предпринимателя в качестве наёмного работника и указывать эту работу и полученную заработную плату при подаче ежегодного уведомления о подтверждении проживания по ВНЖ.
Согласно п. 11–12 ст. 8 Федерального закона от 25.07.2002 № 115-ФЗ «О правовом положении иностранных граждан в Российской Федерации», постоянно проживающий в РФ иностранный гражданин обязан ежегодно подтверждать своё проживание. В уведомлении указываются, в частности, место и продолжительность работы, а также размер и источники дохода за соответствующий год.
То обстоятельство, что работодателем является не ООО, а индивидуальный предприниматель, этому не препятствует. ИП вправе выступать работодателем и заключать с иностранным гражданином трудовой договор.
Важно, чтобы трудоустройство было оформлено официально: заключён трудовой договор, сведения о трудовой деятельности и доходах работника передавались работодателем в установленном порядке, а заработная плата и соответствующие начисления отражались официально.
Сам иностранный гражданин с действующим ВНЖ вправе осуществлять трудовую деятельность в РФ без получения патента или разрешения на работу.
Таким образом, официальная заработная плата, получаемая по трудовому договору у ИП, может указываться как источник дохода при ежегодном уведомлении по ВНЖ.
Если уточните гражданство иностранца, дату получения ВНЖ и когда ему необходимо подавать очередное уведомление, можно дополнительно определить срок подачи и перечень документов именно для его ситуации.