Яна, добрый день!
1. Прохождение медкомиссии — обязательно, отсрочка её не отменяет. Медосвидетельствование при первоначальной постановке на воинский учёт (в т.ч. дообследование в ПНД) проводится независимо от права на отсрочку — это разные процедуры (ст. 5.1, 31 ФЗ №53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»; Положение о ВВЭ, Постановление Правительства РФ №565). Отсрочка освобождает от призыва, но не от учёта и обследования.
2. Не явиться по повестке нельзя. Явка обязательна (ст. 31 ФЗ №53-ФЗ); за неявку без уважительной причины — штраф по ст. 21.5 КоАП РФ. «Прийти только с документом вместо явки» не предусмотрено — можно заранее письменно уведомить военкомат о расписании занятий и попросить перенести время приёма (приложив справку-подтверждение из вуза), но в одностороннем порядке игнорировать повестку рискованно.
3. Отсрочку нужно оформить отдельно, документально. Отсрочка по очному обучению в аккредитованном вузе положена по закону (пп. «а» п. 2 ст. 24 ФЗ №53-ФЗ), но военкомат вносит её на основании справки вуза о зачислении/обучении (форма №26). Раз отметки в приписном нет — подайте в военкомат письменное заявление о предоставлении отсрочки с приложением справки из вуза, чтобы это зафиксировали официально и медкомиссия/явки не превращались в призывные мероприятия.
Спасибо, что обратились! Если ответ был полезен — буду благодарна за отзыв. Если нужно составить заявление в военкомат о переносе даты и приложить справку по форме, или разобрать дальнейшие действия по повестке — с радостью проконсультирую подробнее.