Яна, добрый день!
Ключевой принцип: для расчёта обеспеченности жильём при постановке на учёт и получении помощи учитывается площадь, которой располагают заявитель и члены его семьи — а после развода бывшая супруга по умолчанию перестаёт быть членом его семьи для жилищных целей, если вы не проживаете вместе и не ведёте общее хозяйство (п. 4 ст. 31 ЖК РФ прямо это закрепляет).
В вашей ситуации это подкрепляется дополнительно:
вы разведены 3 года, совместно не проживаете;
ваша квартира — государственная, получена до брака, то есть вообще не связана ни с браком, ни с бывшим мужем как совместно нажитое или общее жильё;
в ней зарегистрированы вы, сестра и её дочь — то есть это отдельное домохозяйство, никак не пересекающееся с его семьёй;
дети зарегистрированы у него, а не у вас — значит, формально для его учёта считается его жильё + жильё детей по месту их регистрации, а не ваше.
Из этого следует: ваши квадратные метры по общему правилу не должны учитываться при определении его нуждаемости и права на улучшение жилищных условий — вы юридически не входите в состав его семьи для этих целей.
Оговорка, ради которой стоит быть внимательной: конкретный порядок расчёта зависит от того, по какой именно программе он идёт как очередник (общий жилищный учёт по ЖК РФ, ведомственная субсидия, региональная программа и т.п.) — у каждой свои нормативные акты и формулировки, кто именно входит в «состав семьи заявителя» на момент расчёта. Формально верное правило иногда применяется чиновниками с ошибками — в таких делах отказы часто основаны именно на неверном включении посторонних лиц в расчёт.
Если пришлёте, по какой именно программе он очередник, и уведомление о постановке в очередь — посмотрю точную нормативную базу и помогу подготовить возражение, если метры всё же попытаются учесть.
