Добрый день!
Отказ ГИБДД принять дополнительное соглашение об изменении цены правомерен, поскольку регистрация автомобиля в ГИБДД носит учетный характер и удостоверяет факт перехода права собственности, а не стоимость сделки. Договор купли-продажи автомобиля считается исполненным с момента передачи автомобиля и денег (ст. 408 ГК РФ), поэтому внесение изменений в уже исполненный договор, особенно в части увеличения цены, может быть признано недействительным (ст. 168, 408 ГК РФ).
Вместе с тем заключенное дополнительное соглашение имеет юридическую силу для сторон сделки (ст. 452 ГК РФ). Для налоговых органов при подаче декларации 3-НДФЛ вы вправе приложить копию дополнительного соглашения, чтобы подтвердить реальную цену продажи. Если налоговая инспекция откажется учитывать дополнительное соглашение, это решение можно обжаловать в вышестоящий налоговый орган или в суд. Также возможно обратиться в суд с иском об изменении условий договора или о признании договора недействительным в части цены.
Для подготовки документов (жалобы в налоговую, искового заявления) я готов оказать вам квалифицированную юридическую помощь.