Справку о смерти в вашей ситуации (без вести пропавший) получить пока нельзя. На данном этапе можно получить только справку об обстоятельствах исчезновения или возможной гибели (форма 1421). Она выдаётся по запросу членов семьи в воинскую часть или военкомат. Срок выдачи — до 30 дней.
Если часть или военкомат отказывают в выдаче справки, вы вправе сразу обратиться в суд с заявлением о признании отца умершим (погибшим) на основании ст. 45 ГК РФ — в случае пропажи при обстоятельствах, угрожавших смертью, срок для признания умершим сокращён до 6 месяцев. В иске укажите, что справка не выдаётся, это не препятствует рассмотрению дела — суд может сам запросить необходимые доказательства из воинской части.
Подавать заявление о выдаче справки нужно в военный комиссариат по месту жительства либо непосредственно в воинскую часть. Для суда также потребуется извещение из части о том, что отец числится без вести пропавшим.