Дмитрий, если у супруги аннулировано именно разрешение на постоянное проживание в Беларуси, это самостоятельное основание для снятия с регистрационного учета. Начать следует с подразделения по гражданству и миграции органа внутренних дел по прежнему месту жительства в РБ.
Пункт 37 Положения, утвержденного Указом Президента Республики Беларусь от 07.09.2007 № 413, предусматривает снятие иностранца с учета при аннулировании такого разрешения — на основании сообщения органа внутренних дел о принятом решении. Поэтому сначала нужно выяснить, не снята ли жена с учета уже, а если нет — направлено ли соответствующее сообщение органу регистрации. Один старый штамп в документе не доказывает, что регистрационная запись сохраняется.
Супруге стоит письменно запросить подтверждение текущей регистрации и снятия с учета, указав прежний адрес и реквизиты решения об аннулировании. По пункту 40 Положения граждане вправе самостоятельно представить подтверждающие сведения или документы. Если она остается в России, отдельно запросите допустимый способ подачи документов из-за границы и требования к представителю: обещать, что достаточно обычной доверенности или письма, без проверки нельзя.
Снятие с учета не требует продажи квартиры. Пришлите обезличенную копию решения: важно отличить аннулирование разрешения на постоянное проживание от недействительности самого документа ВНЖ.