Виктор, добрый день!
Согласно ст. 27 (пп. 12) Федерального закона от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию» в случае, если иностранный гражданин или лицо без гражданства в период своего предыдущего пребывания в Российской Федерации превысили срок пребывания в девяносто суток суммарно в течение одного календарного года, въезд в Российскую Федерацию иностранному гражданину или лицу без гражданства не разрешается в течение трех лет со дня выезда из Российской Федерации.
Наличие жены и ребенка с гражданством РФ — может послужить основанием для отмены запрета на въезд, но сам по себе этот факт не аннулирует ограничение автоматически в базе МВД.
Вам необходимо официально пройти процедуру снятия запрета в МВД России или через суд. Одновременно такое же заявление в МВД может направить Ваша жена от своего имени в связи с нарушением ее прав (на совместную семейную жизнь и воспитание ребенка в полной семье).
В любом случае, для решения вашего вопроса советую Вам обратится к профильному юристу, занимающемуся миграционным законодательством.