В машиночитаемой (структурированной) форме в связи с техническим ограничением ЕИС нет возможности внести

Нет, направлять протокол разногласий только для того, чтобы дополнить контракт ссылкой на конкретное основание освобождения от НДС (например, на пп. 1 п. 2 ст. 149 НК РФ), не нужно. assistentus.ru
Закон № 44-ФЗ и глава 21 НК РФ не устанавливают такой обязанности. Если в структурированной части контракта правильно указано «без НДС», а приложенный файл этому не противоречит, отсутствие ссылки на конкретную норму Налогового кодекса не делает контракт недействительным и не препятствует применению налоговой льготы.

Протокол разногласий по ч. 3 ст. 51 Закона № 44-ФЗ предназначен для случаев, когда сведения проекта контракта не соответствуют извещению или заявке участника, а также при несогласии с увеличением количества товара заказчиком. Произвольно дополнять проект контракта условиями, которых не было в извещении или заявке, закон не предусматривает.

Хотя включение ссылки на норму НК РФ в контракт не является обязательным, для снижения налоговых и бухгалтерских рисков поставщик может отдельно направить заказчику информационное письмо и рекомендовать указывать в первичных документах формулировку: «Без НДС на основании подпункта 1 пункта 2 статьи 149 НК РФ». Но это рекомендация, а не требование. 

Здравствуйте Юлия!

Направлять протокол, чтобы вписать в контракт ссылку на подпункт не нужно. 

 44-ФЗ, глава 21 НК РФ не требуют прописывать в тексте  норму закона, которая обосновывает освобождение от НДС. Право на льготу возникает из самого факта соответствия операции условиям, закреплённым в Налоговом кодекс, если в в контракте  указано «без НДС», а в приложенном файле нет условий, которые прямо этому противоречат (например, не написано «в том числе НДС 20%»), контракт действителен, и налоговая льгота применяется. 

Если  стоит «без НДС», а в приложенной спецификации или смете  прописана сумма налога или указана облагаемая ставка, то это может создать риск споров. 

 Как снизить риски на практике?

Можно отдельно направить заказчику информационное письмо, в котором с чётко укажите, что операция не облагается НДС на основании конкретного подпункта статьи 149 НК РФ, и приложите документы, подтверждающие право на льготу (например, регистрационное удостоверение на медицинское изделие, если речь о нём).

Для более подробной высокопрофессиональной персональной консультации по данному необходимому Вам вопросу в области права, а так же с правовыми анализом необходимых документов, Вы можете обратиться в личный чат.

Ссылка на мой личный чат указана ниже :

pravoved.ru/lawyer/2714073/

Обращайтесь в случае необходимости для более подобного разбора всей вашей ситуации. 

За уже данный ответ можете отблагодарить по ссылке ниже любой суммой

pravoved.ru/lawyer/2714073/

С уважением, Юрист Калюжная Екатерина Викторовна.