Уважаемый Виталий, здравствуйте!
Вам надо обращаться в военный комиссариат.
Жалобу в МВД на данном этапе подавать — преждевременно.
Категория годности Д означает, что Вы не обязаны состоять на воинском учете.
Это прямо предусмотрено подпунктом «а» пункта 4 статьи 23 Федерального закона от 28.03.1998 № 53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе»:
1. От призыва на военную службу освобождаются граждане:
а) признанные ограниченно годными к военной службе по состоянию здоровья;
www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_18260/8cc76a7265c7bb85f8e070f370852f0a1750ced8/
Кроме того, согласно пункту 16 Положения о воинском учете, утвержденного постановлением Правительства РФ от 27.11.2006 № 719, граждане, освобожденные от исполнения воинской обязанности, воинскому учету не подлежат.
normativ.kontur.ru/document?moduleId=1&documentId=505340
Сама отметка «военнообязанный» в паспорте — нового правового статуса не создает)
Ваш правовой статус определяется категорией годности и сведениями воинского учета, а не штампом в паспорте.
Вместе с тем неверная отметка может создавать «практические» проблемы, поэтому ее нужно привести в соответствие с учетными данными.
Отметку об отношении к воинской обязанности вносят территориальные органы МВД России на основании документов воинского учета.
Это следует из пункта 5 Положения о паспорте гражданина РФ, утвержденного постановлением Правительства РФ от 08.07.1997 № 828, а также подпунктов27.3.4 и 27.1.4 Административного регламента, утвержденного приказом МВД России от 16.11.2020 № 773.
Документы воинского учета <4> (при наличии факта постановки на воинский учет)
normativ.kontur.ru/document?moduleId=1&documentId=430145#h1082
При утрате документов воинского учета заявление на паспорт все равно принимается, согласно пункту 35 этого Регламента.
В случае утраты документов, необходимых для проставления отметки в паспорте <2>, указанных в подпункте 27.1.4 пункта 27 Административного регламента, работник многофункционального центра либо сотрудник, ответственный за прием документов, принимает заявление о выдаче (замене) паспорта.
normativ.kontur.ru/document?moduleId=1&documentId=430145#h1082
Поэтому МВД могло оформить новый паспорт без подтвержденных сведений о снятии Вас с учета либо использовать неактуальные данные.
Военкомат располагает первичными сведениями о категории Д и снятии с учета, поэтому начать разумнее с него.
Возьмите паспорт с собой и подайте в военкомат письменное заявление с просьбой актуализировать сведения.
На копии заявления получите отметку о приеме. Ответ обязаны дать в течение 30 дней.
Жалоба в МВД имеет смысл после подтверждения военкоматом, что Вы действительно сняты с учета, когда подразделение МВД откажется исправить ошибочную отметку.
С уважением, Дарья.