Здравствуйте! Оформить переход из ИП в аккредитованное ООО можно. Поскольку ИП и ООО — разные работодатели, обычного внутреннего «перевода» здесь не будет: трудовой договор с ИП прекращается и заключается новый договор с ООО. Это можно оформить увольнением по собственному желанию либо переводом к другому работодателю по письменной просьбе или с Вашего согласия на основании части 2 статьи 72.1 и пункта 5 части 1 статьи 77 ТК РФ. Сам по себе единичный переход сотрудника между фактически связанными организациями законом не запрещён.
Для ИТ-ипотеки имеет значение реальное официальное трудоустройство именно в аккредитованном ООО, применение этим ООО пониженного тарифа страховых взносов, необходимый стаж работы и подтверждённый доход. По действующим условиям обычно требуется не менее трёх месяцев работы в подходящей ИТ-компании; соответствие работодателя проверяется по его ИНН.
Риск для компании возникает не из-за самого перехода, а если трудоустройство в ООО будет только формальным: зарплата и отчётность проходят через ООО, а фактически работник продолжает выполнять работу исключительно для ИП, при отсутствии у ООО собственной деятельности, доходов, договоров и управленческой самостоятельности. Общий сайт, офис и персонал сами по себе не доказывают нарушение, но при проверке могут вызвать вопросы о достоверности сведений, на основании которых ООО сохраняет аккредитацию и налоговые льготы. Поэтому трудовой договор, должностные обязанности, зарплата, кадровые документы и фактические проекты должны относиться именно к ООО.
Практически безопаснее оформить письменное приглашение из ООО, прекращение договора с ИП и новый трудовой договор без фиктивного совместительства и задним числом. Перед подачей заявки нужно проверить ООО в реестре аккредитованных ИТ-компаний и сервисе соответствия условиям ИТ-ипотеки. Могу изучить структуру отношений между ИП и ООО, документы об аккредитации и предложенный трудовой договор, чтобы оценить риски для компании и Ваше соответствие условиям ИТ-ипотеки.