Первое, что нужно сделать это обратиться в нотариальную контору, с вопросом по поводу оформлению наследства.
Поскольку в соответствии с ФЗ «о дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей» установлено, что жилое помещение, приобретенное с использованием средств материнского капитала, оформляется в общую собственность родителей и детей с определением размера долей по соглашению, а соглашение Вы не оформили, то после обращения, нотариус заведет наследственное дело, составит соглашение о размере долей каждого, в том числе и умершего.
После определения размера доли умершего, эта доля будет включена в состав наследственной массы и будет разделена между наследниками первой очереди (женой, матерью и детьми, в равных долях).
Если же по каким то причинам оформить наследство и определить доли в нотариальной конторе невозможно, то все вопросы Вам придется решать в судебном порядке, путем подачи искового заявления.