Здравствуйте.
Такое возможно и без суда - если воинская часть выдала медицинское свидетельство о смерти, регистрация в ЗАГСе производится напрямую, по ФЗ № 143-ФЗ «Об актах гражданского состояния», без решения суда о признании гражданина умершим.
Тут важно различать два разных сценария. Если человек просто пропал без вести и никаких данных о его гибели нет - тогда путь один: заявление в суд об объявлении умершим, и по п. 2 ст. 45 ГК РФ это можно сделать не ранее двух лет после окончания военных действий (для СВО суды сейчас применяют сокращённые сроки при угрожавших смертью обстоятельствах). Но у Вас другая ситуация - в ЗАГСе уже есть запись, сделанная не через суд, а на основании медицинского свидетельства о смерти от воинской части. Это значит, что у военных есть документально зафиксированные данные о гибели - результаты идентификации (в том числе ДНК-экспертизы), заключение медслужбы, показания сослуживцев и т.п. Отсутствие тела на руках у семьи само по себе не делает такую регистрацию незаконной - тело могло не быть эвакуировано, идентифицировано частично, находиться на исследовании и т.д.
Но здесь есть нюанс, который важен именно для Вас: раз у брата нет жены и детей, Вы как сестра - заинтересованное лицо и по закону, и по факту (потенциальный наследник второй очереди, если нет родителей). У Вас есть право запросить документ-основание этой записи и проверить, насколько он обоснован. Если возникнут сомнения в достоверности - запись можно оспорить в суде, но это отдельная и не такая простая процедура.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.