Здравствуйте.
Дожидаться окончания контракта Вам не нужно - при признании ВВК не годным или ограниченно годным к службе увольнение производится досрочно, независимо от того, сколько времени осталось по контракту (пп. «в» п. 1 и пп. «б» п. 3 ст. 51 ФЗ № 53-ФЗ). Ключевое - у Вас до сих пор не проведена ВВК, а без её заключения ни увольнение, ни выплаты не оформят. Тянуть с этим до конца контракта нельзя: чем раньше зафиксируют состояние, тем точнее будет установлена причинная связь травм с исполнением обязанностей.
По перелому шейных позвонков категория годности зависит от степени нарушения функций - при нестабильном переломе с деформацией II-III степени ставится «Д» (не годен), при умеренных нарушениях - «В». По ВИЧ отдельная история: сам факт инфекции не может быть основанием для увольнения или ограничения прав (ФЗ № 38-ФЗ), но для военных выплат важно, признают ли заражение в плену «военной травмой» - от этого зависит и категория годности по этому диагнозу, и размер страховых сумм. Здесь нужна грамотная фиксация обстоятельств заражения именно как связанного с исполнением обязанностей военной службы, иначе в свидетельстве о болезни просто напишут «заболевание получено в период службы» без льготной квалификации.
Отдельно - у Вас период пребывания в плену, за который сохраняется денежное довольствие, плюс положены страховые выплаты за увечья. Как гражданин РБ, заключивший контракт с МО РФ, Вы в правах на эти гарантии приравнены к российским военнослужащим.