Выплату вы получите только в том случае, если контракт был реально "закрыт" военным ведомством - то есть издан приказ о зачислении вас в списки части - до того, как ваше дело в суде превратится в вступивший в силу приговор с реальным лишением свободы. Ограничение на 400 000 руб. касается только тех, кто на момент заключения контракта уже отбывает наказание по приговору. Подследственные и обвиняемые, чья вина судом еще не установлена, это право не теряют.
Но у вас ситуация не типовая. По закону при заключении контракта на СВО уголовное производство должно приостанавливаться, а мера пресечения - отменяться (это прямо предусмотрено для подписавших контракт под следствием). Раз вы не явились в суд, были объявлены в розыск и теперь закрываются в СИЗО - значит, этот механизм скорее всего не сработал: контракт не был доведен до конца через военкомат/часть, приказ о зачислении не издан. А раз нет приказа - формально нет и статуса военнослужащего, соответственно и выплата "зависает".
Второй момент: сам факт неявки в суд после подписания контракта суд и следствие могут расценить не как техническую задержку, а как попытку уклониться от ответственности через контракт. Это влияет на то, будут ли вообще реализовывать ваш контракт сейчас, когда вы под стражей, или заберут дело в обычное русло (арест, суд, приговор, отправка в колонию) без всякого СВО.
То есть развилка не "тюрьма без денег vs СВО с деньгами" - развилка в том, успеете ли вы сейчас, находясь в СИЗО, добиться исполнения ранее подписанного контракта, или дело уйдет в приговор и контракт аннулируют как нереализованный.