Виктория, здравствуйте.
Главный риск - расписка на фактическую (меньшую) сумму сама по себе не меняет цену, указанную в договоре. По ст. 555 ГК РФ цена - существенное условие договора купли-продажи недвижимости, и именно она считается согласованной суммой обязательства. Расписка юридически может восприниматься судом как подтверждение лишь частичной оплаты, а не как документ, изменяющий цену по договору.
Отсюда вытекает конкретная опасность для Вас как покупателя: если между Вами и продавцом впоследствии возникнет конфликт (продавец передумает, начнёт судиться, попадёт в банкротство или просто решит "вспомнить" про недоплату), он формально вправе заявить, что Вы не выплатили полную цену по ДКП, и требовать доплаты разницы либо расторжения договора за неоплату по ст. 486 ГК РФ. Расписка на меньшую сумму в такой ситуации не гарантированно спасёт - суд будет оценивать её вместе с договором и может истолковать не в Вашу пользу, особенно если она составлена неаккуратно.
Второй момент - если Вы планируете (или уже подавали) заявление на имущественный налоговый вычет по цене из ДКП, а расписка фиксирует другую сумму, при камеральной проверке ФНС это противоречие документов может стать поводом для запроса пояснений и уменьшения суммы вычета до фактически подтверждённой.
То, что договор составлял сотрудник МФЦ и стороны его не проверили - к сожалению, не освобождает от последствий: подписанный договор действует так, как написан, независимо от того, кто его готовил.
Получите конкретный план действий по ситуации: что сделать дальше, какие документы подготовить и на какие сроки ориентироваться.