Можно ли перевестись с очного обучения на заочное при наличии академической задолженности?

Перевестись можно, закон прямого запрета не содержит - но при наличии двоек всё зависит от того, успели ли их закрыть до перевода. Ключевая норма здесь - ст. 58 ФЗ №273 "Об образовании": на ликвидацию академической задолженности студенту даётся до двух попыток в течение года, и пока этот срок не истёк и приказ об отчислении не издан, у вас есть право и возможность подать заявление о переводе на заочку.

Нюанс в том, что перевод "с хвостами" - вопрос не федерального закона, а внутренних правил конкретного вуза. Большинство университетов требуют закрытия задолженностей именно на момент зачисления на новую форму обучения, то есть формально перевестись можно, но фактически декан может отказать, пока висят двойки. При этом ст. 61 того же закона даёт вузу право отчислить вас за невыполнение учебного плана - и если это произойдёт раньше, чем вы подадите документы на перевод, ситуация усложнится: восстановление после отчисления и последующий перевод - это уже совсем другая, более долгая процедура.

Так что тут решает скорость: успеете закрыть долги или хотя бы подать заявление до приказа об отчислении - переведётесь без проблем. Не успеете - придётся действовать через восстановление.