Здравствуйте! Не суммируются - теория и практика считаются отдельно, каждая со своим счётчиком из трёх попыток. Это следует из порядка проведения экзаменов, утверждённого Правительством РФ (Постановление № 1097).
По Вашему примеру: 1-я попытка - не сдана теория, это 1/3 попытки по теории. 2-я попытка - теория сдана, значит счётчик по теории закрыт, экзамен по практике при этом - только 1-я попытка по практике, а не какая-то общая "вторая" в цепочке. Если Вы не сдали практику на этой попытке, у Вас остаётся ещё 2 попытки именно по вождению (итого 3), независимо от того, сколько раз пересдавалась теория.
Но есть важный нюанс, о котором часто не предупреждают: результат сдачи теории действует ограниченный срок. Если Вы не успеете сдать практику в этот период - придётся пересдавать теорию заново, даже если она была сдана успешно. И только после 3 неудачных попыток по практике (или по теории) следующая пересдача переносится на срок не ранее 6 и не позднее 9 месяцев.