Ирина, здравствуйте!
В вашей ситуации проблема связана не столько с регистрацией реконструкции дома, сколько с тем, что границы земельного участка пересекаются с землями общего пользования СНТ. Пока это пересечение не будет устранено или узаконено, Росреестр, скорее всего, откажет в регистрации изменений.
Согласно ст. 11.2 и 11.9 Земельного кодекса РФ, изменение границ земельного участка допускается при соблюдении требований земельного законодательства и отсутствии нарушения прав других лиц. Также ст. 43 Федерального закона № 218-ФЗ «О государственной регистрации недвижимости» предусматривает возможность уточнения местоположения границ земельного участка.
Отсутствие председателя СНТ само по себе не лишает возможности изменить границы. Если граница проходит по землям общего пользования, потребуется согласие лица, уполномоченного действовать от имени СНТ. Если такого лица нет и общее собрание не избирает председателя, вопрос может быть разрешен в судебном порядке.
Учитывая, что речь идет всего о 0,05 сотки (около 5 кв. м) и фактическое пользование участком сложилось давно, суд может принять во внимание многолетнее существование границ, отсутствие спора между соседями и то обстоятельство, что дом был построен еще в 2013 году.
Я бы рекомендовал сначала инициировать проведение общего собрания для избрания нового председателя. Если это невозможно, наиболее реальным способом будет обращение в суд с требованием об установлении (уточнении) границ земельного участка либо о признании результатов межевания.
Пожалуйста, оцените мой ответ, если он был Вам полезен.