Здравствуйте!
Да, сообщить своему командиру о том, что ваш сын пропал без вести в зоне СВО, имеет смысл. Особенно если вы сами проходите военную службу.
Это может иметь значение при решении вопросов, связанных с предоставлением отпуска по семейным обстоятельствам, возможными мерами социальной поддержки, а также при учете ваших личных обстоятельств командованием. К рапорту или докладу желательно приложить копию официального уведомления о признании сына пропавшим без вести.
Само по себе сообщение командиру не повлечет для вас каких-либо негативных последствий, а, наоборот, позволит командованию официально учитывать сложившуюся ситуацию.
Искренне сочувствую вашей ситуации и надеюсь, что судьба вашего сына прояснится.
С наилучшими пожеланиями, Юрий Михайлович!