Здравствуйте.
Да, как правило, долю бывшему супругу выделить необходимо.
В соответствии с ч. 4 ст. 10 Федерального закона №256-ФЗ жилое помещение, приобретенное с использованием средств материнского капитала, оформляется в общую собственность родителей и детей с определением размера долей по соглашению.
Закон говорит именно о родителях и детях, а не о супругах на момент выделения долей. Поэтому если материнский капитал был использован в период брака, обязательство по выделению долей распространяется на обоих родителей, даже если к моменту погашения ипотеки брак уже расторгнут.
Вместе с тем размер доли бывшего супруга не обязательно должен быть равен доле матери или детей. Доли могут быть определены по соглашению с учетом размера средств материнского капитала и конкретных обстоятельств.
Исключение возможно, если бывший супруг нотариально откажется от своей доли либо имеется вступившее в законную силу судебное решение, исключающее его право на долю.