В ближайшее время планируем сдачу в аренду квартиру #1, а через полгода ее продажу, а также сдачу в аренду квартиру #2

Здравствуйте!

В вашей ситуации ключевая задача — не допустить, чтобы у налоговой появились основания утверждать, что квартира №1 использовалась в предпринимательской деятельности именно как актив ИП.

Если квартира №1 является жилой квартирой, то наиболее безопасный вариант — сдавать ее как обычное физическое лицо по договору найма жилого помещения и уплачивать НДФЛ либо налог как самозанятый (если режим подходит и соблюдаются условия). Не стоит включать эту квартиру в деятельность ИП, отражать доходы от нее в книге учета ИП или использовать расчетный счет ИП для получения арендных платежей.

Дело в том, что сейчас законодательство прямо предусматривает льготу по продаже жилых домов, квартир и комнат даже в случаях их использования в предпринимательской деятельности, однако на практике чем меньше квартира связана с ИП, тем меньше риск споров с налоговой при продаже.

Смена регистрации супруги на квартиру №2 сама по себе не влияет на право на освобождение от НДФЛ при продаже квартиры №1. Для льготы важен прежде всего срок владения объектом. Если право собственности возникло в ноябре 2021 года, то продавать квартиру без НДФЛ желательно уже после наступления пятилетнего срока владения, то есть после соответствующей даты в ноябре 2026 года.

Что касается квартиры №2, которую вы планируете сдавать длительно, здесь уже можно рассматривать разные варианты налогообложения (физлицо, самозанятость, ИП на УСН), но я бы рекомендовал максимально отделить деятельность по квартире №1 от любого ИП до момента ее продажи.

Если напишете, на кого оформлены квартиры (на вас, на супругу или в совместной собственности) и какой режим налогообложения у каждого ИП, смогу подсказать наиболее безопасную схему именно под вашу ситуацию.

С наилучшими пожеланиями, Хабас Феликсович.

Михаил, добрый день. 

Сдача квартир (как от ИП, так и как физлица) никак не лишает Вас права на освобождение от НДФЛ при продаже квартиры #1 после истечения минимального срока владения (5 лет), если Вы формально соблюдёте этот срок; важно не «задекларировать» продажу как реализацию товара в рамках предпринимательской деятельности.

Минимальный срок владения и продажа
Освобождение от НДФЛ при продаже квартиры наступает, когда выполнен минимальный срок владения (обычно 5 лет, считается по дате регистрации права в ЕГРН, а не по прописке).
Факт сдачи квартиры в аренду (даже как ИП, даже систематически) сам по себе не отменяет этот срок и не превращает продажу жилья автоматически в «предпринимательский доход», если это разовая продажа личного имущества.
Как лучше организовать аренду
С точки зрения налога на аренду, вам доступны три варианта:

Как физлица с НДФЛ 13-15% от дохода (договор найма от вашего имени, деньги на личный счёт/наличные).
Как самозанятые (НПД): 4% с дохода от физлиц, 6% от юрлиц/ИП.
Через ИП (УСН 6% или патент), договор от имени ИП, поступления на расчётный счёт ИП, ОКВЭД 68.20.1 и т.п
С точки зрения будущей продажи квартиры #1 и освобождения от НДФЛ:

Наиболее «безопасно» для отсутствия вопросов по продаже сдавать её как физлицо или самозанятый (НПД), а продажу оформлять как продажу личного имущества, а не актива ИП.
Если сдавать через ИП, важно в договоре купли-продажи квартиры #1 выступать как физлицо, а не ИП, и доход от продажи не включать в базу по УСН/патенту; ФНС в своих письмах как раз увязывает объект налогообложения с тем, от чьего имени заключён договор.
Регистрация, прописка и «единственное жильё»
Смена регистрации жены на квартиру #2 и ваша сохранённая регистрация в квартире #1 не влияют на минимальный срок владения квартирой #1 — он привязан к сроку собственности, а не к прописке.
Льготы, связанные с «единственным жильём» и сокращённым сроком владения (3 года), завязаны на количество объектов в собственности, а не на то, где вы прописаны; если у вас две квартиры в собственности, чаще всего применяется именно 5‑летний срок.
Практическая схема под ваши планы
Квартира #1:

До продажи сдавать как физлицо или самозанятый (если важно снизить ставку налога с аренды).
Продажу в 2027 году (после ноября 2026) оформлять как физлицо, использовать освобождение от НДФЛ по истечению 5 лет и не включать этот доход в деятельность ИП.
Квартира #2:

Можно смело сдавать или как ИП (если вам удобнее учитывать всё в рамках бизнеса), или как самозанятый, или как физлицо — выбор будет зависеть от размера аренды и уже выбранной налоговой модели

Здравствуйте! Самый безопасный вариант для квартиры 1 перед продажей, сдавать ее не от ИП, а как физические лица по договору найма, с уплатой НДФЛ или НПД, не указывать объект в предпринимательских документах ИП и не принимать оплату на расчетный счет ИП. Продавать квартиру 1 лучше после полного истечения 5 лет с даты регистрации права собственности, поскольку общий минимальный срок для освобождения от налога установлен п. 2 и п. 4 ст. 217.1 НК РФ.  Формально для квартир есть исключение из правила об имуществе, использованном в предпринимательстве, но оформление аренды через ИП может создать спор с налоговой о предпринимательском характере дохода от последующей продажи, поэтому для цели безналоговой продажи квартиры 1 безопаснее не связывать ее с ИП. Квартиру 2 можно сдавать как физлица или через ИП, но если в будущем планируется продажа с льготой, такой же осторожный вариант предпочтительнее. Могу помочь подготовить договор найма и налогово безопасную схему расчетов.