Добрый день.
Предоставляя военнослужащим военную ипотеку, государство предоставило им право приобретать себе жилье в любом регионе страны. Вы ограничиваетесь только вашим собственным желанием и размером имеющихся финансовых средств, соответственно.
При этом, поскольку место прохождения Вами службы зависит уже не от Вас, а от вашего командования, то Министерство обороны как ваш работодатель обязан обеспечить Вас жильем. Если в месте прохождения службы вашего личного жилья не имеется, то работодатель обязан обеспечить Вас служебным жильем. Ведь Вас могут отправить служить в другой регион, а Вы, соответственно, владеть квартирой в каждом городе нашей великой страны не обязаны.
Поэтому ответ на ваш вопрос — нет, при использовании военной ипотеки Вы право на служебное жилье не теряете.